DNA ve RNA Dizilerini Tarayıcıda Analiz Edin

Düz DNA/RNA metni, > başlıklı FASTA ve çok satırlı diziler desteklenir. IUPAC belirsizlik kodları (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N) tanınır. Boşluklar, sayılar ve başlıklar otomatik olarak temizlenir.

Tanıma bölgeleri ve kesim konumlarıyla 650’den fazla tip II restriksiyon enzimi. Varsayılan olarak en sık kullanılan yaklaşık 80 enzim gösterilir (EcoRI, BamHI, HindIII, NotI, XhoI, SalI ve diğerleri); nadir izoşizomerlerin de bulunduğu REBASE kaynaklı tam veri tabanı için “Tüm enzimler” seçeneğine geçin.

SantaLucia (1998) parametreleriyle en yakın komşu termodinamik yöntemi kullanılır. Koşullar: 50 nM oligo, 50 mM Na+, 0 mM Mg2+. Tipik 18–30 nt primerlerde doğruluk ±1°C içindedir.

Çünkü iki ayrı ihtiyaca cevap veren iki ayrı formül var. Üst çubuk hızlı bir tahmin verir: 14 nt’nin altında Wallace kuralı (A veya T başına 2 °C, G veya C başına 4 °C), 14–50 nt arasında GC% tabanlı bir formül; bu uzunluğun ötesinde arkasında duramayacağı bir sayı yazmak yerine hiç değer göstermez. Primer sekmesi ise hangi bazın hangisinin yanında durduğunu, ayrıca girdiğiniz tuz ve oligo derişimlerini hesaba katan en yakın komşu termodinamiğini kullanır; iki değerin bazen birkaç derece ayrılmasının nedeni tam olarak bu derişimlerdir. Primer sipariş ederken Primer sekmesindeki değeri esas alın; üst çubuktaki sayı diziye göz atmak içindir, bağlanma sıcaklığını belirlemek için değil.

6 çerçevenin tamamı (3 ileri + 3 ters tamamlayıcı) taranır. Bir ORF, başlangıç kodonundan (ATG; mitokondride ayrıca ATA/ATT/GTG; bakteride ayrıca GTG/TTG) sonraki durdurma kodonuna kadar uzanır. En az uzunluk ayarlanabilir.

Dizi analizi tarayıcınızda JavaScript ile çalışır; araç FASTA girdisini ayrıştırır, kodonları çevirir ve restriksiyon bölgelerini gerçek zamanlı olarak haritalar.