تحليل تسلسلات DNA و RNA في المتصفح

نص DNA أو RNA عادي، FASTA بعناوين >، تسلسلات متعددة الأسطر. تُتعرَّف رموز الغموض IUPAC (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N). تُزال الفراغات والأرقام والعناوين تلقائياً.

أكثر من 650 إنزيم تقييد من النوع الثاني، مع عرض نحو 80 إنزيماً شائعاً افتراضياً؛ بدّل إلى «جميع الإنزيمات» لرؤية قاعدة البيانات الكاملة المستمدة من REBASE.

بطريقة الجار الأقرب (nearest-neighbor) بمعاملات الديناميكا الحرارية لـ SantaLucia (1998). الشروط: 50 nM أوليغو، 50 mM Na+، بدون Mg2+. الدقة ±1°C للبادئات النموذجية بطول 18–30 نيوكليوتيد.

لأنّهما معادلتان مختلفتان تجيبان عن حاجتين مختلفتين. فالترويسة تعرض تقديرًا سريعًا: قاعدة والاس (2 °م لكلّ A أو T و4 °م لكلّ G أو C) دون 14 نيوكليوتيدة، ومعادلةً على أساس نسبة GC من 14 إلى 50؛ وفوق ذلك تكفّ عن عرض أيّ قيمة بدل أن تطبع رقمًا لا تستطيع ضمانه. أمّا لسانُ البادئة فيستعمل ديناميكا الجيران الأقربين، وهي تحسب أيّ قاعدةٍ تجاور أيّها، مع تركيزَي الملح والقليل النوكليوتيدة اللذين تُدخلهما — وهذان التركيزان بالذات هما ما يباعد بين الرقمين، وأحيانًا بعدّة درجات. ولطلب البادئات خذ لسان البادئة؛ فرقمُ الترويسة لتصفّح المتوالية بالعين لا لضبط حرارة التلدين.

تُمسح جميع الأُطر الستة (3 أمامية + 3 عكسية). ORF هو منطقة من كودون بدء (ATG؛ وفي الميتوكندريا أيضاً ATA/ATT/GTG؛ في البكتيريا — GTG/TTG) إلى أقرب كودون توقف. الحد الأدنى للطول قابل للتخصيص.

يُنفَّذ التحليل في المتصفح. نجمع فقط إحصائيات استخدام مجهولة الهوية (مثل حدث النقر على «تحليل» وطول التسلسل) — دون المحتوى نفسه.